Po vypadnutí z 1.ligy nastala pred novým ročníkom 2.ligy 1998/99 situácia v ktorej nik nevedel čo bude s Loky ďalej. Doteraz o nej nechce nikto hovoriť a tak asi zostane nevyjasnená. Majiteľ Loky, ktorý ju "doviedol" k zostupu, firma Inter Trade, snáď medzitým aj zanikol, záujemca o kúpu, firma Trast, reprezentovaná majiteľom Spojov p.Bodnárom nemá s kým rokovať. Prezident klubu B. Sinay je na dovolenke, ešte stále generálny riaditel železniciarov M. Polča úcinkuje už v superligovom Bardejove , bývalý generálny riaditeľ L. Belanský je už so svojím novým klubom 1. FC Košice. Už to vyzeralo, že Loky zanikne, nakoniec došlo k nejasnej transakcii so SEZ Krompachy a Pokrok Krompachy preberá súťaž , ale pod hlavičkou FK Lokomotíva Košice. Do Krompách prešli muži a starší dorast Loky, ostatné mládežnícke kategórie ostali v Košiciach absolútne bez akejkoľvek podpory. 

Hráčmi v tejto druholigovej sezóne boli: 
Rodák, Bálint, M. Ontko, Ľ. Ontko, P. Horváth ml., Čižmár, Leng, Miloš Galo, Maroš Galo, Štyvar, Michalko, Plichta, Mihalík, Vasiľ, Zahuranec, Guzan, Straka, Staš, Gábor 

Akousi ohlodanou kosťou pre ozajstného fanúšika modro-bielych z Čermeľa sa zdá byť založenie Futbalového oddielu pri TJ Lokomotíva Košice. Posledný pokus udržať tradíciu želežničiarskeho futbalu sa tak začína od úplných základov - hráči TJ Lokomotíva budú v nasledujúcej sezóne úcčnkovať pod týmto názvom v mestských futbalových majstrovstvách košického regiónu. A tak sme na hlavnom ihrisku v Čermeli mohli v nedelné dopoludnie sledovať zápasy s mužstvami ako Roma09, Zdravotník, atd. 

Tu niekde sa začínajú fanúšikovské debaty, ktorá Loky je tá pravá. Jedni fanúšikovia jazdia vlakom na zápasy do Krompách, iní nostalgicky sedia na "starom mieste" pri bráne borcov na štadióne v Čermeli. 

Loky sa nakoniec v II.lige zachránila, skončila na 12.mieste. 

Ročník 1999/2000 začal ďaľšou rošádou. Po "spojení" Lokomotívy a Spojov Košice, ktoré zastrešuje majiteľ, p.Bodnár, Loky prichádza do Košíc a hrá 2.ligu pod názvom FC Lokomotíva Spoje a do Krompách prechádzajú Spoje a hrajú 3.ligu tiež pod pôvodným názvom. Ani jednomu sa však nedarí a Loky vypadáva do 3.ligy a Spoje klesajú do štvrtej a od ´daľšej sezóny už na futbalovej mape nie sú a 4.ligu hrajú Krompachy. 

V mestských majstrovstvách hrá Lokomotíva 1946, už s novým partnerom - Wagon Slovakia.

Na futbalovej mape sa objavuje nový klub, ktorý sa hlási k Lokomotíve, Lokomotíva PČSP Košice. Poisťovňa PČSP zobrala pod svoje krídla mladších dorastencov a žiakov Lokomotívy, ktorí neprešli do Krompách a deklaroval svoju prioritu ako mládežnícky klub. Dorast hral tretiu ligu a žiaci II.ligu juh. Už v lete 2000 usporiadala Lokomotíva PČSP prvý ročník dorasteneckého turnaja s obsadením ako tu predtým nebolo. Nasledovali ďaľšie ročníky letného aj halového turnaja až do roku 2003.